工业工程系研究中心是产学研相结合的平台，通过学术研究、技术转化、管理咨询和终身教育，服务于社会。

· 清华大学质量与可靠性研究院（与原国家质检总局共建）

· 清华大学工业文化研究院（与工信部共建）

· 清华大学智慧物流与供应链系统研究中心（与胶州市共建）

· 生产系统与运营管理研究中心

· 复杂系统工程研究中心

· 数据化管理研究中心

· 高端装备智能制造研究中心

· 高端装备与关键设施健康管理研究中心

· 卫生与医疗服务研究中心

· 复杂系统人因工程研究中心

· 企业信息化研究中心

· 清华大学-北卡罗莱纳大学物流与企业发展中心

· 工业工程应用研究中心

· 能源生产仿真与优化研究中心